替代疗法的副作用包括过敏性接触性皮炎,罕见的IgE介导的临床症状,针灸可能导致的机械性伤害,如气胸,心包填塞或脊髓损伤,针灸后的传染性并发症,如肝炎和细菌性心内膜炎,以及与各种草药制剂相关的器官毒性,涉及肝脏,肾脏和心脏。一些草药可能具有致癌性。严重的营养不良可能发生在给予严格替代饮食的婴儿和小儿中,类似于"kwashiorkor"。最后,其他各种不良反应中,讨论了掺杂类固醇,以及草药和药物的相互作用 。